TY - JOUR AU - Чубик, І. Ю. AU - Чеботар, С. В. PY - 2022/12/07 Y2 - 2024/03/29 TI - БІОІНФОРМАТИЧНИЙ АНАЛІЗ ГЕНІВ АДГЕЗИВНОГО БІЛКА СТОПИ МІДІЙ РОДУ MYTILUS JF - Вісник Одеського національного університету. Біологія JA - Вісн. Одес. нац. ун-ту. Біологія VL - 27 IS - 2(51) SE - ГЕНЕТИКА І МОЛЕКУЛЯРНА БІОЛОГІЯ DO - 10.18524/2077-1746.2022.2(51).268553 UR - http://visbio.onu.edu.ua/article/view/268553 SP - 30-43 AB - <p><strong><em>Проблема.</em></strong> На сьогоднішній день є актуальним ідентифікація та дослідження генів адгезивних білків, які сприяють адгезії морських мідій під водою та відіграють важливу роль у промисловості для комерціалізації водонепроникних клеїв. Мета нашого дослідження заснована на біоінформатичному аналізі, тому як моделювання в даний час є одним з передових методів.</p><p><strong><em>Мета. </em></strong>Метою даної роботи було провести порівняння нуклеотидних послідовностей представників роду <em>Mytilus</em>, які фланкуються праймерами <em>Ме 15 / Ме 16</em>, розробленими до неповторювальної області гена адгезивного білка мідій, а також біоінформатичний аналіз повної амінокислотної послідовності адгезивного білка стопи Mefp-1, що кодується геном <em>Fp1</em>, для виду <em>M. galloprovincialis</em>.</p><p><strong><em>Методика.</em></strong> Нуклеотидні послідовності аналізували за допомогою BLAST (NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov]) та вирівнювали MAFFT [Madeira et al., 2019] методами. Філогенетичне дерево побудували у програмі MEGA [Kumar et al., 2018] методом UPGMA [Sneath, Sokal, 1973]. Фізико-хімічні параметри адгезивного білка для амінокислотної послідовності <em>M. galloprovincialis</em> розраховували за допомогою програмного інструменту ProtParam (ExPASy [https://web.expasy.org/protparam/]). Моделі тривимірної структури адгезивного білка <em>M. galloprovincialis</em> побудовані на онлайн-платформі I-TASSER [Yang, Zhang, 2015; Zhang et al., 2017] та з використанням програми AlphaFold [https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/Q27409].</p><p><strong><em>Основні результати. </em></strong>Аналіз нуклеотидних послідовностей шести представників роду <em>Mytilus</em> в межах «варіабельної області», яка фланкуються праймерами <em>Ме 15 / Ме 16</em>, показав наявність делецій і ряд однонуклеотидних поліморфізмів. Побудована дендрограма відобразила філогенетичні відношення видів мідій в роді <em>Mytilus</em>, при порівнянні нуклеотидних послідовностей генів адгезивного білка стопи мідій. Проведено аналіз первинної та вторинної структури адгезивного білка мідії виду <em>M. galloprovincialis</em> характерної для Чорноморського регіону, та побудовано моделі тривимірної структури адгезивного білка для зазначеного виду.</p><p><strong><em>Висновки.</em></strong> Виявлені мутації в досліджуваній «варіабельної області» нуклеотидних послідовностей генів адгезивного білка дозволяють молекулярному маркеру <em>Ме 15-16</em> розрізняти між собою чотири види мідій: <em>M.</em> <em>galloprovincialis</em>,<em> M. chilensis</em>, <em>M. edulis</em>, <em>M. trossulus</em>. Отриманий розподіл представників роду <em>Mytilus</em> за допомогою кластерного аналізу узгоджується із даними літератури щодо територіального поширення цих видів. Розраховано молекулярну масу та побудовано моделі просторової структури гена адгезивного білка стопи мідії виду <em>M. galloprovincialis</em>.</p> ER -