БІОІНФОРМАТИВНИЙ АНАЛІЗ НУКЛЕОТИДНИХ ПОСЛІДОВНОСТЕЙ АЛЕЛІВ ГЕНІВ КОРОТКОСТЕБЛОВОСТІ ПШЕНИЦІ Rht-B1 ТА Rht-D1

Автор(и)

  • Г. К. Кичигіна, Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, Україна
  • Г. О. Чеботар Одеський національний університет імені І.І. Мечникова, кафедра генетики та молекулярної біології,, Україна
  • С. В. Чеботар Одеський національний університет імені І.І. Мечникова, кафедра генетики та молекулярної біології,, Україна

DOI:

https://doi.org/10.18524/2077-1746.2016.2(39).82752

Ключові слова:

пшениця м’яка, гени короткостебловості, генотип, біоінформативний аналіз

Анотація

Проведений біоінформативний аналіз нуклеотидних послідовностей алелів генів короткостебловості пшениці Rht-B1 та Rht-D1. Встановлено, що множинні алелі гомеологічних генів Rht-B1 та Rht-D1 пов’язані з точковими мутаціями, інсерціями, делеціями та ампліфікацію фрагментів в регіоні, який кодує DELLA-домен однойменних білків.

 

Посилання

Abakumenko AV (1987) “Correlative connection structure elements in low-yield winter wheat” [“Korelyatyvni zv'yazku elementiv struktury vrozhayu u nyzʹkoroslykh ozymykh pshenytsʹ”], Sci.-Tech. Bull. PBGI., 1 (63), pp 64-71.

Litvinenko MA (2007) “Research on improving the breeding crops in scientific institutions UAAN for last 75 years” [“Doslidzhennya z selektsiynoho udoskonalennya zernovykh kulʹtur v naukovykh ustanovakh UAAN za ostanni 75 rokiv”], Proceedings of PBGI – NCSCI, 10 (50), pp 9-15.

Lyfenko SF (1987) Semidwarfing varieties of winter wheat [Napivkarlykovi sorty ozymoyi pshenytsi], Kyiv: Harvest, 192 p.

Motsnyy II, Goncharova AI, Chebotar GA, Chebotar SV (2017) “The degree of heritability and phenotypic dominance of plant height in wheat hybrids with different alleles Rht-genes” [“Stupinʹ uspadkovanoho i fenotypova dominuvannya na osnovi vysoty roslyn u hibrydiv pshenytsi z riznymy alelyamy Rht-hena”], Cytol Genet, 51, No 1, pp 25-33.

Chebotar GA, Motsnyy II, Chebotar SV, Sivolap YuM (2012) “Effects of dwarfing genes on the genetic background of wheat varieties in Southern Ukraine”, Cytol Genet, 46, No 6, pp 366-372.

Altschul S, Gish W, Miller W, Myers E, Lipman D (1990) “Basic local alignment search tool”, Journal of Molecular Biology, 215 (3), pp 403-410.

Bazhenov MS, Divashuk MG, Amagai Y, Watanabe N Karlov GI (2015) “Isolation of the dwarfing Rht-B1p (Rht17) gene from wheat and the development of an allele-specific PCR marker: new strategies in plant improvement”, Molecular breeding, 35 (11), pp 213-213.

Bolle C (2004) “The role of GRAS protein in plant signal transduction and development”, Planta, 218, pp 683-692.

Borojevic K, Borojevic K (2005) “The transfer and history of “reduced height genes” (Rht) in wheat from Japan to Europe”, Journal of Heredity, 94, № 4, pp 455-459.

Bӧrner A, Plaschke J, Korzun V et al. (1996) ”The relationships between the dwarfing genes of wheat and rye”, Euphytica, 89, pp 69-75.

Chebotar GA, Chebotar SV, Motsnyy II (2016) “Pleitropic effects of gibberellin-sensitie and gibberellin-insensitie dwarfing genes in common wheat of the southern steppe region of the Black Sea”, Cytology and Genetics, 50, 1, pp 26-35.

Ellis MH, Rebetzke GJ, Azanza F et al. (2005) “Molecular mapping of gibberellin-responsive dwarfing genes in bread wheat”, Theor Appl Genet, 111, pp 423-430.

Gubler F, Chandler PM, White RG et al. (2002) “Gibberellin signaling in barley aleurone cells: Control of SLN1 and GAMYB expression”, Plant Physiol, 129, pp 191-200.

Itoh H, Ueguchi-Tanaka M, Sato Y et al. (2002) “The gibberellin signaling pathway is regulated by the appeaence and disappearance of SLENDER RICE1 in nuclei”, Plant Cell, 14, pp 57-70.

Li A, Yang W, Lou X, Liu D, Sun J, Guo X, Wang J, Li Y, Zhan K, Ling HQ, Zhang AJ (2013) “Novel natural allelic variations at the Rht-1 loci in wheat”, Integr Plant Biol, 55 (11), pp 1026-1037.

MAFFT Multiple sequence alignment program, http://mafft.cbrc.jp/alignment/software

NCBI National Center for Biotechnology Information, http://www.ncbi.nlm.nih.gov

Pearce S, Saville R, Vaughan SP et al. (2011) “Molecular characterisation of Rht-1 dwarfing genes in wheat”, Plant Physiol Preview, 157, pp 1820-1831.

Peng JR, Richards DE, Hartley NM (1999) “Green revolution genes encode mutant gibberellin response modulators”, Nature, 400, pp 256-261.

Ueguchi-Tanaka M, Ashikari M, Nakajima М (2005) “Gibberellin insensitive dwarf1 encodes a soluble receptor for gibberellins”, Nature, 437, pp 693-698.

Willige B, Ghosh S, Nill C et al. (2007) “The DELLA domain of GA INSENSITIVE mediates the interaction with the GA INSENSITIVE DWARF1A gibberellin receptor of Arabidopsis”, Plant Cell, 19, pp 1209-1220, www.plantcell.org/cgi/doi/10.1105/tpc.107.051441

##submission.downloads##

Опубліковано

2016-11-10

Як цитувати

Кичигіна, Г. К., Чеботар, Г. О., & Чеботар, С. В. (2016). БІОІНФОРМАТИВНИЙ АНАЛІЗ НУКЛЕОТИДНИХ ПОСЛІДОВНОСТЕЙ АЛЕЛІВ ГЕНІВ КОРОТКОСТЕБЛОВОСТІ ПШЕНИЦІ Rht-B1 ТА Rht-D1. Вісник Одеського національного університету. Біологія, 21(2(39), 79–87. https://doi.org/10.18524/2077-1746.2016.2(39).82752

Номер

Том 21 № 2(39) (2016)

Розділ

ГЕНЕТИКА І МОЛЕКУЛЯРНА БІОЛОГІЯ

Ліцензія

Авторське право (c) 2016 Вісник Одеського національного університету. Біологія

Creative Commons License

Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.

Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:

  1. Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0).
  2. Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
  3. Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) роботи, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).

Публікація праць в Журналі здійснюється на некомерційній основі. Комісійна плата за оформлення статті не стягується.